1、所处地区不同：福州大学本部又被称作是旗山校区，与福州大学晋江校区是处于不同位置的校区。2、院系不同：福州大学晋江校区主要包括福州大学晋江研究生院、福州大学国家大学科技园晋江分园暨福州大学晋江研究院、福州大学海洋学院等。而福州大学本部的学院有电气与工程学院、机械工程及自动化学院、软件学院等。
福州大学（FuzhouUniversity）简称福大，创建于年，是国家“世界一流学科建设高校”、国家“工程”重点建设高校，也是国家教育部、国家国防科技工业局与福建省人民*府共建高校、福建省三所重点建设的高水平大学之一、福建省一流大学建设高校，入选国家建设高水平大学公派研究生项目、教育部首批“卓越工程师教育培养计划”高校。福州大学创办于年，校园座落在福州市西郊闽江之滨。福州大学坚持理工结合和多学科发展的指导方针，主要分设数学、计算数学、物理学、无线电技术、机械制造工艺及设备、铸造、发电厂电力网及电力系统、电机与电器、无机物工学、基本有机合成、工业企业电气化、力学、工业与民用建筑、道路与桥梁、采矿工程、冶金工程的专业。